La Asociación CALDH está conformada por una Asamblea General integrada por 30 personas entre hombres y mujeres de reconocida trayectoria política, tanto a nivel local como nacional e internacional, así como de distintos grupos étnicos de Guatemala.

Para la ejecución de sus planes de trabajo CALDH cuenta con un equipo operativo de cuarenta personas, hombres y mujeres de diversas disciplinas y pertenecientes a varios grupos étnicos de Guatemala. La asociación cuenta con estructura organizativa integrada por una dirección ejecutiva, una subdirección y programas y unidades para el cumplimiento de sus objetivos.